При исследовании ДНК ИПС клеток полученных из различных источников было обнаружено, что она содержит характерные для исходных клеток химические модификации (например, метилированные основания). Таким образом, при перепрограммировании некоторые элементы эпигенетической памяти остаются не стертыми ([lxxxv], [lxxxvi]). Именно этим очевидно объясняется то, что ИПС клетки в отличие от эмбриональных не могут дать начало некоторым видам дифференцированных клеток. При этом характерные эпигенетические особенности клеток взятых для перепрограммирования сохраняются даже после длительного культивирования и дифференцировки в специализированные типы клеток ([lxxxvii]). Поэтому перед использованием той или иной линии ИПС желательно провести ее тестирование на эпигенетические и транскрипционные особенности ([lxxxviii], [lxxxix]).

    В связи с эпигенетической памятью следует отметить тот факт, что перепрограммированные клетки, полученные из клеток больных пациентов, могут сохранять патологические особенности связанные, например, с мутацией ([xc]). Так, перепрограммирование  в ИПС клетки клеток взятых от пациентов с врожденным дискератозом, даже если эти клетки были в недифференцированном состоянии, не приводит к обычному обновлению теломер и они сохраняют дефект в соответствии с клинической тяжестью заболевания ([xci]).

 Далее см.Целенаправленное редактирование генов в ИПСК с помощью «молекулярных ножниц».